日本在南海問題上“暗的”一手更令人震驚。6月29日，柬埔寨首相洪森點名批評日本駐柬大使，稱其以取消經濟援助相威脅，干涉柬埔寨內政。此前他已經提過“某東盟域外國家”的大使正在向柬埔寨及其他東盟國家施壓，希望他們能在仲裁案結果宣布后表態支持。對此，日本時事通訊社評論稱，作為中國友邦的柬埔寨，為支持中國南海問題的立場而專門同日本作對。
日本國內很關心7月12日的裁決。《日本經濟新聞》8日稱，東盟各國隨著仲裁庭即將做出裁決而警惕感升溫，原因是菲律賓在新政府上臺后態度發生變化，如果菲律賓優先與中國展開雙邊磋商，東盟內部對華包圍網可能崩塌。文章稱，東盟國家的步調已經混亂，判決的效果很可能打折扣。
近幾年來，日本在南海問題上攪局的動作不斷。2014年后，安倍政府加快勸說東盟各國同中國對立的腳步，現在則是明確插手南海問題。日本防衛大臣中谷元此前在香格里拉對話會上宣稱，在南海問題上沒有一個國家算是局外人。
“日本并非南海聲索國之一，但一直是最熱衷于批評中國行為的聲音之一。”總部設在布魯塞爾的國際危機組織（ICG）6月30日發布報告稱，日本聲稱在該地區擁有至關重要的戰略、經濟和政治利益，并與美國和東南亞國家聯手行動，以作為對抗中國在東海（行動）“集體反應”戰略的一部分。與此同時，東京向菲越提供援助并支持美國在該“水路”與中國對抗。
據報道，日本與越南商議允許日本自衛隊艦船停靠越南海軍基地金蘭灣，還與越、菲舉行海上聯合訓練和演習，為其建造巡邏船。
