元世祖忽必烈于1274年（日本文永十一年）和1281年（日本弘安四年）兩次出兵攻打日本，但都遭到失敗，無論是戰爭期間還是戰爭結束后，日本跟元朝都沒有建立起官方穩固的外交關系。但是日本商船還是經常到元朝把中國大陸的貨物運回日本，這主要是因為元朝對外國貿易采取比較寬大的政策。但是文永之役以后，元朝采取了防范武裝商人的措施，管理貿易的市舶司也時常有變遷，貿易統制日漸嚴厲，私人貿易被禁止，出入的內外船舶必須持有元朝發給的叫做公據的渡海證明書，按照貨物數量進行課稅。
這些方針對日本船執行的特別嚴格，開了后來明朝實行的“勘合貿易”制度的先例。（勘合貿易制度：勘合是一種外國君主向明王朝朝貢的憑證，由明王朝禮部制定，上蓋騎縫印信，一分為二，一半交給外國君主，一半留明王朝。明朝海禁后，規定外國君主遣使朝貢時，必須攜帶發給的半印勘合與留存明王朝的半印底簿比對朱墨字號是否相符。）
從日本到元朝的貿易船有不少是以獲得寺社營造費用為目的的，比如1325年入元的為了取得建長寺營造費用的建長寺船，1328年為了取得關東大佛營造費用的關東大佛船，1332年為了取得住吉神社營造費用的住吉社船，1341年為了取得天龍寺營造費用的天龍寺船等等。雖然他們形式上都是受到天皇朝廷敕許或者幕府派遣的，但實際都是貿易船。比如著名的天龍寺船，船長至本就保證不計盈虧，回國后向天龍寺繳納現錢五千貫。幕府對這些為了籌備寺社建造費用的貿易船負擔航行中的警備任務，防止海盜船掠奪。這些船入元的時間，是元英宗至治二年（1322年）慶元市舶司恢復以后的時期，官許船似乎是受到元朝給予的與一般商船不同的特別待遇。慶元就是現在的浙江寧波，“市舶司”是唐朝開始設立的專門管理海外貿易和收取稅款的官署。
在元朝和日本的交往中，禪僧成為了一支重要力量。一山一寧（中國臺州人，普陀山高僧，1299年以元使身份赴日未歸。去世后被花園天皇賜以“國師”封號），清拙正澄（福建連江人，臨濟宗高僧。1326年應北條高時邀請赴日，去世后謚為“大鑒禪師”），明極楚俊（浙江寧波人，臨濟宗高僧，1329年赴日。受到后醍醐天皇和北條高時的寵信，被賜“佛日惠焰禪師”稱號），竺仙梵仙（明州象山人，1329隨明極楚俊一同赴日。受光嚴上皇和足利尊氏的皈依）等中國名僧的來日，奠定了日本禪宗文化的興盛。通過禪宗流入日本的中國貴族教養，后來則成為了東山文化的基礎。
元朝時期，襲擊中國大陸的倭寇應當沒有襲擊高麗王朝的強烈，因為元代史料的殘缺，難以知道當時倭寇的活動情況，不過根據《元史》里的部分記載和明初倭寇的猖狂行動，可見那時候倭寇也是比較活躍的。
《元史》記載，元世祖忽必烈至元二十九年（1292），日本船至四明港要求貿易，因為船中藏有武器，元朝很警惕日本船圖謀不軌，因而設立都元帥府以嚴海防。這是最初見到的元朝對日本船的防備態度，是元朝第二次入侵日本的“弘安之役”后第十一年的事情。隨后，元成宗大德八年（1304）于定海路設立千戶所，防御倭船。元武宗至大元年（1308），日本商船焚掠慶元，元朝官軍不能抵抗。作為對應措施，元朝加強了慶元和臺州等地的沿海軍備。值得注意的是，這些在元朝的日本商人的活動和高麗忠定王二年（1350）以后在朝鮮半島大逞兇威的倭寇有許多不同之處。
第一，他們的活動范圍僅限于慶元，也就是浙江寧波附近。因為那里有“市舶司”，所以日本船是以貿易為目的前往慶元，只是在貿易不順時才進行掠奪。
第二，倭船的攻擊目標都是元朝官府。這是要求通商的日本船為了對抗通商的不利條件，或者為了對抗元朝官吏的蠻橫而發生的沖突，與從開始起就把攻擊目標放在糧食和人口上的活動在朝鮮半島的倭寇本質上是不同的。
第三，從時間上看，日本人在元朝的行動要比朝鮮半島倭寇行動激化的1350年早得多，兩者應該沒有因果關系。所以，日本商人在元朝慶元的活動，即使可以視為倭寇的一個先驅性形態，但并不等于狹義的倭寇。
倭寇的來歷？倭寇是哪里來的？
與日本商人在慶元附近的暴動相比，14世紀中葉以后在中國山東活動的倭寇就顯然不同，可以充分看出他們和朝鮮半島倭寇的密切關系�！对贰分杏涊d元順帝至正二十三年（1363年）“倭人寇蓬州，守將劉暹擊破之。自十八年以來，倭人連寇濱�？たh，至是海隅遂安”。山東蓬州見到的日本人的活動，從年代看是緊接著1350年的，在以濱海郡縣為攻擊對象等方面都和慶元倭商不同。把他們看作是朝鮮半島活動的倭寇原班人馬向山東方面移動，大概是不會錯的。從以后作為明初倭寇出現的日本人與朝鮮的倭寇都是同一批日本人這點來看，很容易想象到山東倭寇的實體。
出生于貧農家庭的朱元璋，經過數十年奮斗后，終于在1368年于南京登上皇帝寶座，建立了明王朝。明太祖的建國原則是根據儒家學說重建中華帝國，即“中華之主”同時就是“天下之主”。確立四夷各國向中華帝國朝貢的國際秩序，對于明太祖來說是必須實現的政策，而倭寇問題又是確立這種國際秩序必須解決的課題。從洪武元年到洪武三十一年，幾乎沒有哪一年見不到關于倭寇的記載，明太祖在位前期最為激烈，中間有一段緩和期，到后期又激烈起來。如果把明太祖時期中國的倭寇活動與朝鮮半島的倭寇活動進行比較，就可以看出他們之間的連帶關系，朝鮮激烈時明朝就少，明朝激烈時朝鮮就少。這就證明了主體相同的倭寇集團根據時間的不同而改變活動的場所。倭寇在中國的活動舞臺以接近朝鮮半島的山東沿海最盛，次及江蘇，浙江，廣東沿海各地。他們既襲擊沿海居民，又掠奪官糧，在明朝做出了與在朝鮮相同的行徑。
明朝為了制止倭寇活動而采取的政策，首先是充實海防。洪武十七年（1384年），明太祖命湯和巡視海岸，在山東，江蘇，浙江沿海地區建城五十九座，設立備倭行都指揮使司。人民四丁抽一為兵，得兵士五萬八千七百人，分駐沿海各地。洪武二十年（1387）對浙江沿海各衛所兵士六萬二千八百五十三人，每人賜鈔五錠。次年又在福建沿海設立五個衛指揮使司與十二個千戶所，以備倭寇。在都司與衛所不僅部署防御士兵，還配備了船舶。洪武二十三年（1390），命令沿海衛所和巡檢司一律備船二艘，巡查海上盜賊。
明朝在加緊對倭寇警備的同時，還開始努力依靠外交交涉使得日本稱臣。洪武元年（1368年）十一月，明太祖向日本派遣了第一批使者，但是據說使者在日本五島附近被賊所殺，太祖通報建國的國書落入水中。接著又第二次派遣楊載一行人作為使節前往日本。當時日本正處于南北朝時期，楊載一行在九州登陸，向大宰府南朝征西將軍懷良親王遞交《賜日本國王璽書》。
詔書內容主要有三點：
1、通告明朝建國，要求日本朝貢。
2、通告倭寇為害中國，要求日本國王攜帶表文到明朝皇帝那里入貢，若無臣屬之意，則要求嚴厲取締倭寇。
3、如果倭寇繼續為害不止，明朝就要發兵征討日本。
結果就是，懷良親王殺了使節團七人中的五人，拘留楊載等人達三個月之久，還回了一封措辭嚴厲的國書斥責明朝的無禮。
洪武三年（1370年），明朝第三次遣使日本，使者是山東萊州府同知趙秩。所持詔書與上次沒有大的區別，但是敘述了安南，高麗，占城，爪哇各國已經順天奉命，稱臣入貢，強調“華夷之辨”，催促日本進貢，同時送還了明朝擒獲的日本僧侶十五人。征西將軍府對此次出使的反應，是洪武四年（1371）派遣僧祖來等九人前往明朝贈送馬匹和土產，同時送還被倭寇擄來的中國男女七十余人。明實錄就這次懷良親王遣使的記載：“至是奉表箋稱臣，遣祖來隨秩入貢。”另外明朝作為報答，賜懷良親王大統歷和文綺紗羅。如果記載屬實，頒發歷法已經代表了明朝承認懷良親王為日本國王。從此以后，明朝方面的文獻都用“國王良懷”或“日本正君”稱呼懷良親王。
洪武五年（1372），帶著大統歷的明朝使節無逸克勤等人到達日本博多。但是博多此時已經納入今川了俊支配下，作為明朝使節交涉對象的懷良親王已經退出大宰府，固守高良山去了。明使一行被扣留在博多圣福寺一百余日，了解到了日本南北朝對立的形勢，于次年六月到了日本京都。在京都與室町幕府進行了接觸，但具體情況不明。明朝使節一行在洪武七年返回明朝，室町幕府將軍足利義滿遣使和明朝使節同行到明朝，向明太祖貢獻馬匹和土產，但明太祖以沒有國書為由拒絕接受。這或許是足利義滿希望進行私人性交往而遭到拒絕的。
洪武十三年（1380年），明朝左丞相胡惟庸被指陰謀篡奪帝位被捕，牽連者達到一萬五千多人，世稱胡惟庸之獄。但與胡惟庸事件相關的“林賢事件”，則是到了洪武十九年（1386年）才暴露。據說胡惟庸為了舉事，先與寧波衛指揮使林賢勾結，偽奏林賢有罪，流放日本，令林賢與日本君臣秘密策劃。隨后胡惟庸又奏請恢復林賢官職，遣使從日本招回林賢，秘密致書日本國王，要求派兵援助。林賢先一步回國，日本國王給僧如人瑤倭兵四百，偽稱入貢，獻巨燭，中藏火藥與刀劍，但如瑤到達明朝的時間是在胡惟庸陰謀早已暴露之后，因此這個計劃才沒有得逞。
重提六年前的事情，以懲罰有關人員，這讓人覺得是為了想方設法陷害林賢而編造的謊話，但是因為日本國王也與這個事件有關系，作為報復措施，明太祖采取了同日本斷絕交往的方針。明太祖在努力充實沿海軍備的同時，強行實施海禁政策，以對付倭寇的猖獗。但是由于采取海禁政策，海外各國與明朝交往的途徑就只限于朝貢一個。日本與明朝國交的開始，必須等到明成祖永樂皇帝時代。
足利義滿雖然早就希望同明朝建立國交，但是如愿以償是通過明太祖死后的1401年的使節派遣。其時義滿已經將征夷大將軍一職讓給其子足利義持，又辭去身居律令制最高官位的太政大臣，削發為僧，法號道義。足利義滿在擔任征夷大將軍兼太政大臣階段，始終只是天皇的陪臣，因此沒有資格作為四夷君主向明朝皇帝呈上表文。1401年時，足利義滿已經是日本律令制之外的自由人，從這方面來看，已經獲得了被明朝承認為“日本國王”的資格。1401年足利義滿致明朝的國書開頭寫“日本國準三后道義上書大明皇帝陛下”，接著說“遵往古之規法”遣使祖阿，肥富通好，獻方物金千兩，馬十匹，薄樣千帖，扇百本，屏風三雙，鎧一領，筒丸一領，劍十腰，刀一柄，硯箱一合，文臺一個，并搜尋漂寄海島者若干送還。
