就在段祺瑞不辭辛勞，替袁世凱鞍前馬后，東征西討的時候，兩人之間的裂痕卻在不斷擴大。袁、段的矛盾不是一朝一夕形成的。“二次革命”前，按照制度設定，國家軍事大權本應由陸軍部和參謀部分掌。可參謀部只是個毫無實權的空殼，以致于袁世凱想讓黃興當參謀總長，黃興都不愿干，最后只得由當時尚在武漢的黎元洪遙領。參謀部的具體事務由參謀次長負責，實際發揮不了什么作用，更談不上對陸軍部進行牽制。

袁世凱為此在總統府設立了軍事處，規定軍機要務須由陸軍部、參謀部提出處理方案，呈請總統批示執行，具體怎么執行，由軍事處研議。

就像是民初的國會和政黨政治一樣，制度聽上去都不錯，但實際運作往往又是另外一回事。軍事處原處長李書城是同盟會會員，毫無權力，甚至于連文件都看不到，到任不久就氣得掛冠而去。李書城一走，日常事務便由副處長傅良佐完全負責。

傅良佐也是段祺瑞的幕僚出身，他自然不會對陸軍部的事多插手，而段祺瑞也根本就不把軍事處放在眼里，有時對袁世凱交代要辦的事都愛理不理。

（電影《建黨偉業》，左為袁世凱，右為段祺瑞）

傅良佐也是段祺瑞的幕僚出身，他自然不會對陸軍部的事多插手，而段祺瑞也根本就不把軍事處放在眼里，有時對袁世凱交代要辦的事都愛理不理。

由于缺少制約，軍事大權中的相當一部分尤其是軍官的任免，一直被陸軍部所掌握。對軍官的進退，段祺瑞往往不請示袁世凱就直接下達命令，在他所提拔的軍官中，又有很多是門生舊部。段祺瑞與這些軍官函電往來，廣泛聯系，外人看來，從中央到地方已隱然形成一個派系，其勢頭猶如當年袁世凱之與北洋系。

后來段祺瑞所謂的皖系當時實際并未形成，但袁世凱還是感到非常不安，他對段祺瑞的猜忌也開始一步步加深。

（電影《建黨偉業》中正在給袁世凱講解軍事的蔣百里）

蔣方震，字百里，國人一般都以字相稱。蔣百里先留學日本并以優異成績畢業于士官學校，后又赴德國學習軍事，是民初公認的第一流兵學家。袁世凱對他很器重，當時袁世凱正打算對保定軍校進行改造，從而培養出一批能夠牽制“段派”的新生力量，于是便任命蔣百里為保定軍校校長。

保定軍校直屬陸軍部管轄，但袁世凱在發布這一任命時根本就沒跟陸軍部打招呼，段祺瑞對此當然不會高興。這使得蔣百里一上任就碰到了硬對頭——時任陸軍部軍學司司長的魏宗瀚。