菲海軍公共關系處軍官說，“如果軍艦涉及這樣的事件，我們在第一時間就會接到消息”;水上警察也說，“事發海域離岸較遠，我們沒有船在那邊”。
根據遇襲臺灣地區漁民的說法，菲方船艦為白色船身，船上人員身穿橘色背心，而菲國海軍船艦船身為灰色，艦上官兵制服為藍色，漁業暨水產資源局巡邏船多為藍底白身。
報道稱，菲海岸防衛隊官員的船艦及人員制服符合臺灣漁民描述，但官員調閱衛星定位記錄，稱當時沒有海巡隊船艦在事發地點巡邏。
由于菲國執法船不足，有時各單位會采共同作業方式，比如說海巡隊人員可以乘漁業局船只出巡，或漁業局人員搭海巡隊巡邏艦執勤，因此很難單憑臺灣漁民的說法認定是哪個單位涉入其中。
中方要求菲律賓徹查并說明兩岸同聲譴責
外交部發言人華春瑩9日晚間就事件答記者問時指出，中方對此表示嚴重關切，我們對開槍射殺臺灣漁民的野蠻行徑表示強烈譴責。中方要求菲方立即進行調查，并盡快作出說明。我們對遇害的臺灣同胞表示深切哀悼，對家屬表示慰問。
