短吻鱷挖掘洞穴,用以逃避危險和冬眠。短吻鱷主要捕食那些能一口能吃完的小型動物。但它們也會捕食較大的動物,方法是先抓住獵物,然后將其推進水里直至該獵物淹死。而那些一口不能吃掉的食物,它們會任由獵物腐壞,或粗暴地旋轉和震動獵物直到把其撕成能咬的小塊,這就是“致命搖動”。短吻鱷是不挑食的捕食者,基本上能捉的都吃。年幼時吃魚類,昆蟲,蝸牛和介蟲。
長大后,它們逐漸捕食較大的獵物,包括:較大的魚類,例如雀鱔目的魚類,龜,各類的哺乳類動物,鳥類和其他爬行動物。而當它們不夠食物時,更會吃動物腐肉。成年的短吻鱷能捕食牛和鹿,并出了名捕食較小的短吻鱷。在某些例子,較大的短吻鱷也會捕殺佛羅里達美洲豹和熊,令它在整個過程中成為頂上的獵食者。雖然人類侵犯它們的棲息地,對于人類的攻擊也不多,因為短吻鱷不像一般鱷魚,不會立刻把人類當成獵物。