6月24日，賈相軍去了市公安局，一去不回。沒多久，警方就到賈家搜查。
賈慶瑞夫婦以為，老二老實本分，不可能干壞事，很快會回家，但變故超出他們預料。6月27日，賈相軍被刑拘，7月23日被正式逮捕。
10月22日上午，聊城中院審理此案，庭審依法不公開。賈相軍回憶，庭審只有一個多小時，“我一直在哭，法官問話時我也哭，不敢說人不是我強奸殺害的。”當時有兩個律師出庭，其中一個是賈父聘請的，“律師在庭上拿著一張紙念，說我未成年，希望量刑時予以考慮。”
庭審很快結束，合議庭當庭宣判。這份全文不到700字的判決書，認定賈相軍對張華敏實施強奸，致張窒息死亡，賈“構成強奸罪，且后果嚴重，民憤極大，本應嚴懲，但視其作案時不滿十八歲，應依法從輕處罰”，決定判處死刑，緩期二年執行，實行勞動改造，以觀后效，剝奪政治權利終身。
賈相軍說，法警押著他走到法院大門外，書記員追過來，隔著十多米問“上不上訴”。“我開始沒回答。法警提醒，現在夠年齡(指滿18歲)了，上訴會判死刑，等書記員走到跟前，我便回答不上訴。隨后，他拿出庭審筆錄，讓我簽字按手印。”
同年11月9日，山東高院下達刑事裁定書，核準中院一審判決。
賈相軍三弟說，一審判決下來不久，母親念玉環就瘋了，整日在家囈語：“我兒子沒做這樣的事!”
“智破疑案”
賈相軍對京華時報記者稱，他并非兇手，是辦案警察毒打逼他才招供的，警察還威脅不許翻供，因此在檢察官和法官面前，他不敢翻供。因年幼，他甚至分不清檢察官與警察的區別，也搞不懂律師是干嗎的。
賈相軍清楚記得，1991年8月的一天，他被押上一輛警用三輪，胸前掛著“強奸殺人犯”紙牌，繞著聊城城區轉了一圈。一同游街的，有“盜竊犯”等其他十余人。當時，賈相軍差兩個月滿18周歲，此案也未公訴。但在聊城電視臺的新聞上，賈家人看到了他游街示眾的畫面。
賈相軍是在案發一個月后被抓的，招供之后有長篇通訊見報。
1991年8月15日，《聊城日報》第三版刊登一篇約3000字的通訊，題為《智破疑案壯我警威——聊城市5·20重大強奸殺人案偵破紀實》(下稱《智破疑案》)，全文分6個小標題，介紹了警方破案過程。
據《智破疑案》，5月23日下午發現女尸后，地市兩級刑偵技術人員和法醫火速到場，進行尸體檢驗和勘察現場。
“死者身高1.56米，上穿黑色夾克衫，下穿牛仔褲，右手小指戴一金色戒指，披肩長發，面部呈‘巨人觀’，頸部喉結有兩處皮下紅色瘀血，全身表皮脫落，處女膜破裂。法醫和刑偵技術人員分析斷定，這是一起由死者熟人作案的重大強奸殺人沉尸案。”
“一時間，城區沸沸揚揚……嚴峻的現實擺在了干警們的面前，在線索和證據極少的情況下，打開此案的突破口，難于上青天……在張華敏周圍的熟人中，120名調查對象、40名重點人物、十幾名嫌疑分子，都因作案條件、時間等因素，逐一被排除了。”
一個月后，賈相軍進入警方視野。“6月23日，干警陳永華、王永剛在龍灣村調查時，一群眾反映：本市念窯村念××的外甥賈相軍曾結識了一位操東北口音的姑娘，疑點聚焦在賈相軍身上……調查中了解到賈相軍離開貿易樓時，接替他工作的正是1月20日來聊的張華敏。同時還了解到，賈追求過張。賈的一位遠房姨就住在龍灣村。賈相軍身上的疑點越來越集中，這好似一縷晨曦撥亮了罩在干警心頭的濃霧。”
“6月24日，第一次傳訊賈相軍。賈對幾次給張寫求愛信、追求張華敏及多次尾隨糾纏供認不諱，但拒不承認殺張華敏，并一口咬定案發的那天晚上與他人一起睡在市家電公司倉庫里……”
“6月27日，賈相軍被刑事拘留。審訊中，賈仍咬定5月20日晚與賈××、馬××一起睡覺。而賈××、馬××則態度堅決地否認了這一說法。”此處，賈××即為賈慶才，馬××為馬浩勤。
“經地市公安機關研究，再次加大了力量，公安處刑警大隊隊長李炳和、市公安局副局長傅強、劉鳳金及10余名干警吃住在看守所，拉開攻堅戰的序幕。”
“審訊又持續了7天。幼稚但狡猾的賈相軍仍咬定5月20日與賈××、馬××在一起，據賈××回憶，20日晚，家電公司司機李××去東阿銷貨，回庫房卸剩下的37臺電扇(當時賈××不在)，是馬××、賈××(賈××的哥哥)幫著卸的貨，且有退貨單據和賈××出具的收貨條為證。當晚他們四人住在一起。詢問另三人口供一致，賈相軍5月20日晚沒有與他們在一起。”
“7月5日，再次提審賈相軍，幾番較量之后，干警們量(注：原文中的錯別字)出了家電倉庫收貨條和退貨單的影印件……他低下了頭，哭著說：‘我把張華敏整死了。’接著交待了犯罪過程。”
時間迷局
1991年12月3日，賈相軍由看守所轉入聊城勞改隊(后改稱聊城監獄)。1992年1月25日，一個獄友將其收藏的刊有《智破疑案》的報紙遞給他。“我一看，明白怎么回事了。”賈相軍說。
賈相軍的說法與《智破疑案》所述出入很大。
《智破疑案》稱，賈曾追求過張，賈稱，他沒有明確的追求念頭，且在案發前的4月，由家長出面，他和一位肖姓姑娘定了親。
《智破疑案》稱，賈多次求愛均遭張婉言拒絕。賈稱，他與張同事期間，一名梁姓男子慫恿他追張，還寫了一張紙讓他交給張，“我沒細看，只記得梁寫的落款是我的名字，我當時懵懂，把信給了張。張回了一張紙條，說不合適。紙條我遺失了。我自己一次都沒寫過求愛信。”
《智破疑案》稱：“5月20日早8點，賈相軍到孫××家催要煙款，碰到了去水上餐廳上班的張華敏。兩人聊了一會兒，得知張下班很晚，走夜路十分害怕，賈相軍提出晚上送張回家，張沒有答應，也沒有反對，埋下了斷送青春生命的禍根。”賈稱，2月份離開隆昌貿易樓后，他兩次在路上遇到過張，但3月份后，再沒見過她。
《智破疑案》稱：5月20日晚9點鐘，賈相軍來到約定的地點新街口等張。“10點30分，張華敏下班回來二人相遇……大約半小時后，賈相軍開始擁抱張，并企圖發生關系……強壯有力、一米七八的身軀壓在了張華敏的身上，并堵住張的口鼻和扼住頸部，發泄著獸欲。突然，張華敏頭猛地向后一挺，沒了聲息……聽不到心跳了。賈相軍大吃一驚，慌張地抱起張的尸體向8米多遠的養魚池拖去，他聽到張褲兜里有聲響，掏出來便向南側湖水拋去。隨后，將自行車用張的腰帶與尸體捆在一起，沉入水中。”賈稱，這些說法都是在警方提示和用刑后供述的，他根本沒作案時間，5月20日前后一周他都在倉庫睡。
2013年6月20日和21日，賈相軍分別找馬浩勤和賈慶才對質，兩人各寫下一份證明。賈慶才稱：“我與賈相軍、馬浩勤在1991年5月20日(卸電扇的前天晚上)一起睡在家電公司閘口倉庫。馬浩勤夜班回來，大約11點左右聽到敲門聲，我讓賈相軍拿鑰匙給馬浩勤開的門。第二天早上大約8點，我給馬浩勤開門走了，我和賈相軍又睡了會兒。”馬浩勤說法與此相同。
京華時報記者找到賈慶才、馬浩勤，兩人確認了上述證詞。賈慶才還稱，鑰匙一直在他身上，5月20日晚不可能出門。
賈慶才稱，他第一次被傳訊時，警方拿手銬、電棒、手槍嚇唬過他，讓他說實話。他稱，當時也記不清卸電扇的日期，只說卸電扇那天晚上賈相軍沒一塊睡，頭天晚上則在一起。幾天后，警方又傳訊他，以別的事由拘留一個多月，這次沒再問賈相軍的事。
馬浩勤只被傳訊過一次，其所述與書面證詞一致。
關于卸電扇的日期，賈慶才和賈相軍稱是5月21日。但《智破疑案》中，警方獲得證詞是5月20日晚，而非5月21日。
賈相軍稱，在審訊時，辦案人員拿出卸貨單據讓他辨認，他看到時間是5月21日。“這個單據在偵查卷宗里應該有，如果能看到卷宗，憑單據就能確定案發時我在不在倉庫。”賈相軍懷疑，出于難以揣測的原因，有人在時間上作了偽證，但他認為，即便如此，單憑口供不足為據。
獄中傳書
賈相軍父子不掌握卷宗材料。早年申訴時，賈慶瑞和律師鬧翻了，認為律師沒辯護好，因此也沒問律師要到卷宗材料。
賈相軍轉入聊城勞改隊后，賈慶瑞第一次會見到他。他向父親訴說了刑訊逼供經歷。刑訊方式包括：扇耳光、罰跪、用腳踢、用鞋抽臉、用繩索從背后銬住、用橡膠棒打、用電棒電擊耳朵和脖子、用槍威脅、不讓睡覺等。
賈相軍還從獄中傳出獄友肖某、孫某等人的證言，證實他剛進看守所時天天提審，一身傷痕回來。
該材料寫于聊城勞改隊，時間是1992年10月。材料顯示，1991年7月份，兩人在聊城市看守所12號監室與賈一同在押，后在勞改隊一起勞動改造。
肖某回憶，賈相軍進監室時，“頭發蓬松，眼神發呆，高高的個子，面黃肌瘦，無精打采的樣子，嘴巴上有一塊傷疤，還流著血，牙齒也被打落，腚上都打黑了。賈相軍進號的前幾天，幾乎天天提審，每次回來，都被打得趴在地上，很是痛苦，晚上不能睡覺，不斷被疼痛所驚醒，腚部全部打黑了，護膝蓋也被跪出了血，當時正是熱天，我們號里家里人給送來的風油精給他腚上抹抹。賈相軍晚上經常說夢話，說打死我了，我不活了的話。”孫某的說法與此相似。
