再說說日本語，許多日本學者認為，日本語的語法結構與包括朝鮮語在內的阿爾泰語系的語法結構有許多相似之處。

也有一些學者逐漸注意到，日本語與“南島語系”（即馬來與玻里尼兩亞浯系）之間或許有某種親緣關系。

“南島語系”是分布十四起印度洋的馬達加斯加島，經馬來西亞。印度尼西亞，東至南太平洋諸島的一大語系，其范圍可至中國南部的一些非漢族的少數民族。

一些學者便推測，南島語系的語言可能是經過中國南部，然后傳入日本的。

有許多學者認為，應將日本語視為“混合語”，即日本語是在漫長的歷史中，由若干種語言混合而成的。

在繩紋時代之前的數千年，在東北亞地區的落葉林帶，可能存在一種稱為“原東北亞語”的基礎語。

繩紋時代初期的日本語可能來自這一系統，日本語中的阿爾泰語系的某些特征可能由此而來。

而到了繩紋時代晚期或彌生時代前期，從事水田稻作的移民，由朝鮮半島，或直接由中國長江下游地區進入日本。

這樣，不僅從朝鮮半島繼續傳入阿爾泰語系的語言，而且也可能有中國長江下游地區的吳、越語傳入日本。