臭豆腐聞起來臭、吃起來香。這種奇香是一種產生蛋白酶的霉菌分解了蛋白質，形成了極豐富的氨基酸，使味道變得非常鮮美，臭味主要是蛋白質在分解過程中產生了硫化氫氣體造成的。硫化氫是具有刺激性和窒息性的無色氣體，有臭雞蛋氣味，低濃度接觸僅刺激呼吸道及眼的局部，高濃度時會使人感到頭痛、頭暈和惡心，甚至使人死亡。
研究證明，豆制品在發酵過程中會產生甲胺、腐胺、色胺等胺類物質以及硫化氫。它們具有一股特殊的臭味和很強的揮發性，多吃對健康并無益處。此外，胺類物質存放時間長了，還可能與亞硝酸鹽作用，生成強致癌物亞硝胺。
據了解，傳統工藝對臭豆腐的制作流程要求十分嚴格，必須經過油炸、加鹵和發酵幾道程序。整個制作過程要求在常溫下進行，而且對溫度和濕度的要求也非常高，一旦控制不好，很容易受到有害細菌污染。有一種叫“肉毒梭菌”的毒菌，常會隨臭豆腐的制作而繁衍其中，特別是土法制作，一般是將一塊塊的豆腐煮熟后分成若干小塊再一層層地置于容器中，然后封住封口。這時，如果封得密不透風，就釀下了大禍：這種“肉毒梭菌”就會乘機繁衍。這樣的臭豆腐食用后會出現全身無力、頭痛、食欲不振、視力模糊等中毒癥狀。
