消失的“江東”與龐大的南直隸
朱元璋推翻元朝建立大明，定都南京應天府。明代改前元的“行（中書）省”為承宣布政使司（習稱仍為“行省”），江西行省因之改為江西布政使司而延續。但明朝也不曾恢復故宋的“江東”，而是以應天府所在周邊區域為“直隸”。于是太湖流域的財富之區盡屬直隸，舊兩浙西路只剩下治所杭州府與各方面均無足輕重的嚴州府（屬今杭州市），與舊兩浙東路合建浙江省。
由于鳳陽是朱元璋的桑梓之地，也是祖先陵寢所在，太祖皇帝的鄉土觀念使得明初的“直隸”北界竟越過了淮河，大體上囊括了宋代的淮南東路、淮南西路、江南東路、兩浙西路的廣闊區域。大概朱元璋自己也覺得這個直隸著實大得離譜，于是一開始就將原江南東路的信州府（今上饒）等地改隸江西省，洪武十四年（1381）又將舊兩浙西路的湖州、嘉興兩府還屬浙江省。
隨著明成祖把首都遷往北京順天府，改北平行省為（北）直隸，南京降為留都，管轄區域相應改為南直隸（今安徽省、江蘇省與上海市），遂形成明朝所謂（南北）兩京十三省的體制，而只剩下形影相吊的“江（南）西”。
整合宋代多路的南直隸大體范圍
以往歷朝歷代的留都，多只是榮譽上的虛銜，不曾設有與都城一樣完整的行政機構，“商遷五都，不別置員。周營雒邑，惟命保釐。漢、唐舊邦，止設京尹。宋于西京，僅命留守”。而明朝的留都南京卻同樣設有一套完整的中央行政機構，“設二都于南京與北京，造就了兩個都市區，從而將中原的兩端均置于國都的直接管理之下。這是中國中央集權化的重要步驟。”
兩京制度下的留都機構設置同于北京，只在前面加上“南京”二字，設有宗人府及（南京）吏、戶、禮、兵、刑、工六部，建制同北京明朝中央的六部無甚差別。通常有一尚書總領五侍郎留陪都，以南京兵書尚書專任參贊機務，與勛臣擔任的南京守備及守備太監一起構成留都權力核心。
南京官員名義上是“京官”，與地方各級布政司、按察司、都指揮使司等官不同，但就職權范圍而言，僅限于南京及所轄南直隸地區，對其他地區事情無過問權，更無指揮權，實與其他行省無異。南京六部官員多為閑職，稱為“吏隱”，如景泰年間，何喬新任南京禮部主客司主事，“政務甚簡，終日閉戶讀書”，明代中后期之后，“大臣有不合目忌之者，即打發至南京”，南京各衙門更是淪為政爭失勢者的收容所。
雖然如此，遷都后南京政治地位的降低只是相對京師（北京）而言，作為兩京之一，南京實際上是明朝的一個備選首都。土木堡之變時徐有貞等人就曾主張南遷;崇禎末年，在與滿洲及農民軍作戰屢敗時，北京岌岌可危時連崇禎帝的皇后也說“我們在南邊還有一個家”。最后，在李自成攻陷北京后，當年四月初八，消息傳到南京，僅過了一個月（五月十五），利用南直隸完備的機構設置，南明弘光政權就成立了。
