清軍收復新疆之戰，粉碎了英、俄勾結阿古柏侵占新疆的企圖，維護了中國的領土主權，打擊了侵略者的囂張氣焰，具有重大歷史意義。

這次戰爭所以取得勝利，除戰爭的正義性和新疆各族人民積極支援這一根本原因外，還有軍事上的原因。首先，清軍的戰略方針正確。左宗棠根據西北戰場具體情況，提出“緩進急戰”、“先北后南”的總的方針，把糧餉的采運、保障和武器彈藥的供應放在戰略位置加以考慮，使戰爭準備十分充分，體現了因地制宜、打有準備之仗的原則。事實證明，這一方針完全符合新疆戰場實際，是十分正確的。

其次，清軍的作戰指揮靈活機動。左宗棠坐鎮肅州，掌握全盤情況，而將前線指揮權賦予劉錦棠。劉錦棠和前敵諸將積極協同，善于抓住有利戰機，機斷行事，從而在整個收復新疆之戰中攻必克，戰必勝，勢如破竹，銳不可當，充分體現了正義之師的不可戰勝。

從敵方來看，阿古柏反動政權的分裂行徑遭到了新疆各族人民的一致反對。在清軍的強大攻勢面前，敵方難以組織起真正堅固的防衛。加上阿古柏對清軍的戰斗力估計不足，又未能事先占領控制哈密、巴里坤等戰略要地，在作戰指揮上又執行被動挨打、消極防御的方針，這就難以避免被清軍打敗的結局。