蔣百里任保定軍校校長的第一天，就集合了學生，發表講話：
“我此次奉命來長本校，一定要使本校成為最完整的軍事學府，使在校諸君成為最優秀的軍官，將來治軍，能訓練出最精銳良好的軍隊。我一定獻身于這一任務，實踐斯言。如果做不到，當自殺以謝天下！”
蔣百里說到做到，他到職以后，首先刷新人事，聘請當時的軍事精英任教官，使學校精神為之一振。蔣百里注意學生的課業，凡是外國語與戰術等課，絕對不準缺席。教官請假時，他便親自代為上課。他和學生同桌吃飯，同甘共苦，一掃以往官僚腐敗的習氣�？墒且磺懈镄麓胧司穹矫嬉酝�，還需要錢款。而當他向當時的袁世凱政府要錢時，不論打電報或是寫信，常常杳無音信。不得已他親自去北京催款，軍學司的司長魏學翰還多方留難，始終不得要領。有一次他到北京催款失望而歸，到校的第二天，也就是1913年6月18日，一大早就召集全校師生在尚武學堂講話。
他用沉痛而低微的語調說：“我到本校以后，曾經告訴過你們，我要你們做的事，你們必須做到，你們要我做的事，我同樣也要做到。你們辦不到，我要責罰你們。我辦不到，我要責罰我自己。現在你們一切都還好，沒有對不起我的事，我自己不能盡責任，是我對不起你們……事情辦不好，應該辭職，但是中國的事到處都是一樣。這兒辦不好，到別處也不會辦好。你們不要灰心，要鼓起精神來擔當中華民國未來的責任！”說到這里，他突然拔出手槍，對準自己的胸膛開了一槍。當時站在第一排的學生劉文島，一面大聲呼叫“校長自殺了！”一面和其他學生沖上前去，把槍從他手中奪了過來，然后把他抬到校長辦公室。這時學生在辦公桌上發現了兩封遺書，一封是寫給教育長的，一封是告別他母親的。
一個軍事學校的校長，因為領不到經費憤而在學生面前舉槍自殺，這是一件駭人聽聞的大事，當消息傳出以后，輿論界對袁世凱政府群起攻擊。學生們發表通電，向各方呼吁，并推派代表到北京請愿。當時推派代表為每省一人，總數有10余人之多。袁世凱知道事態嚴重，一方面立即令學校教育長張承禮代理校長職務，一方面派參謀總長陰午樓帶人到保定調查真相。同時委托日本公使伊集院打電報到東京派軍醫平戶到保定為蔣百里療傷。所幸這一槍沒有擊中心臟，治療了一段時間，終得以康復。
