群雄失駕，北洋軍分裂為直、皖、奉三大派系，各自為政，明爭暗斗。曹錕憑借自身雄厚的兵力，仍為北洋政府所倚重，9月任直隸督軍，駐防保定。在吳佩孚的建議和協助下，曹錕大力加強軍事訓練，將自己的軍隊擴充成五個混成旅，積蓄勢力，一枝獨大。1917年7月1日，張勛復辟，段祺瑞組織“討逆軍”對之進行討伐。曹錕看準時機，振臂響應，得任“西路討逆軍”總司令，以吳佩孚為先鋒，一舉擊潰了張勛的三千“辮子軍”。
此役結束，曹錕兼直隸省長，對吳佩孚的信任也更深了一層，也更加倚賴。帝制被推翻，共和國體制得到恢復，直系軍閥的當家人物馮國璋當上了代理總統，段祺瑞重任總理職務。但由于北洋政府拒不肯執行《臨時約法》和召開國會，孫中山在廣東成立了護法軍政府，組成湘桂聯軍準備北伐。段祺瑞決定推行武力統一政策，大發兵馬南下鎮壓。曹錕任西路統帥，安排吳佩孚以代理第三師師長身份任前敵總指揮。吳佩孚用兵如神，連克岳州、長沙、衡陽等重鎮。一時間，曹錕、吳佩孚的威名響徹天下，盛極一時。吳佩孚更被稱人們為“常勝將軍”。
就在人們以為直、皖兩派軍閥會一直親密合作下去的時候，段祺瑞為了建立皖系的獨裁統治，指使自己的親信徐樹錚在北京宣武門內的安福胡同成立了一個名為“安福系”的政客集團。而徐樹錚野心勃勃，竟欲奪取直隸。這一來，曹錕大光其火，遂以養病為名離開漢口返回天津。他這一走，段祺瑞所擬定的援粵總司令張懷芝也從江西回濟南，南征受挫；駐兵衡陽的吳佩孚跟著發出罷戰主和通電，直皖兩派的矛盾開始加劇。此后，吳佩孚還多次串聯湖南前線南北將領聯電反對段祺瑞的主戰政策。段祺瑞一籌莫展，只好致書參議院主選曹錕為副總統，以此來籠絡直系將領。但這并不能挽回什么，直、皖兩派軍閥的合作已經到頭了。
因為，段祺瑞為了推行自己的“武力統一”政策，不惜把中國山東和東北地區的鐵路、礦產、森林等權益大量出賣給日本，向日本大量借款。甚至為了討好日本，他還準備簽字通過巴黎和約里將戰前德國侵占的山東膠州灣的領土，以及那里的鐵路、礦產、海底電纜等統歸日本，賣國以求榮。段祺瑞玩得太過分了！1919年5月4日，“五四”愛國運動爆發，段祺瑞從一個“三造共和”的英雄人物徹底淪落為人人喊打的賣國漢奸、民族敗類。
這一年年底，馮國璋死去，曹錕被擁為直系軍閥首領，直皖兩派沖突繼續。直系兵力相當強大了，已經從原先的5個混成旅擴大到了9個。國內“倒段” 呼聲這么高，而自己的軍事力量又已經具備，曹錕決定與段祺瑞決一雌雄，問鼎中央政權。第二年三月，吳佩孚等直系將領在曹錕的指揮下有次序地撤防北上。段祺瑞隱居團河，表面上閉門謝客，但野心不死，暗中調遣邊防軍集中北京一帶，準備襲擊吳佩孚。直皖之間的大戰，一觸即發。
為了爭取到孫中山等人的支持，段祺瑞宣布廢止中日軍事協定，同意開南北和會。而這邊的曹錕也加大取勝的籌碼，不斷派人游說東北奉系軍閥張作霖與自己合作。張作霖本有染指長江流域、雄霸中原之心，又是曹錕的兒女親家，沒有拒絕的理由。出發前，他試探曹錕說：“老段實力比你強，和他打，有沒把握？”曹錕是這樣回答的：“我沒有把握，但子玉（子玉為吳佩孚的字）說有把握，子玉的把握就是我的把握。”這一句話，將曹錕對吳佩孚的倚重信賴之情彰顯無遺。隨即，張作霖與曹錕及其他一些軍閥結成八省反皖同盟。
