作為國內知名大導演，雖然事業穩中有升，賺錢也不少，卻備受白癜風困擾，與妻子徐帆結婚多年，至今沒有生孩子，有稱徐帆曾想生孩子，但擔心馮小剛的白癜風會遺傳給孩子，所以干脆放棄了生育。2007年4月，馮小剛在宣傳電影《夜宴》時，左手的白癜風癥狀被發現，第二天華誼老總王中磊也曾證實：“他的確有白癜風，已經很長時間了。”但幸好白癜風病不影響馮小剛的健康，患病后仍然一直堅守在工作崗位上。

早在2010年7月18日，馮小剛也曾在微博回應其對白癜風病情的看法，幽默大度的他在感謝群眾送上祖傳秘方之余，還不忘自我解嘲稱“常遇熱心人苦口婆心勸我治療臉上白癲瘋且免費獻出祖傳密方，在此一并叩謝。這病在下就惠存了。 不是不識好歹，皆因諸事順遂，僅此小小報應添堵遠比身患重疾要了小命強。這是平衡。也讓厭惡我的人有地放矢出口惡氣。再者既便治愈，我也變不成呂布黃曉明，頂多就一不用打底色的杜月笙。”微博發出后，絕大多數網友都被他的真誠和幽默打動，并勸馮導多多注意身體。