鞏固政權 “戒殘去殺”
伊犁起義以后，蔡樂善等人在迪化兵變，袁大化窮于應付，倉促東歸，把新疆的軍政大權交給了楊增新。楊增新躍登都督寶座的時候，西面伊犁依然同迪化對壘，南疆各地哥老會十分活躍，東路哈密鐵木耳起義，北面阿勒泰處于“獨立”的喀爾喀威脅之下。
楊增新自然想到的是怎樣鞏固自己的政權，據已故國民黨騎兵連連長馬符綬回憶，楊增新曾對自己的親信說，要穩住新疆，必須“一面與伊犁聯合，一面設法收拾南疆”。
于是，他首先同伊犁取得了妥協，以省級和地方級的要職任命于伊犁的人物，以此分散他們的勢力。如伊犁革命黨首腦人物楊纘緒被任命為喀什提都，伊方代表賀家棟、郝可權等人被楊增新餌以重金，也都解職東歸。最后，留在伊犁的革命黨人也被楊買通的地方武人殺害。不到兩年，稍有革命思想和活動的人幾乎全部被楊增新鏟除。
而后，楊增新又采取“先離巢穴，后解兵權”的計策瓦解了哥老會，他用“調虎離山計”把邊永福和魏得喜調迪化任職，等邊、魏二人到省城后，他將魏遣送回內地，將邊押回甘肅處死。就這樣，到1916年，哥老會重要成員都被他消滅。
已故新疆省人民政府主席包爾漢回憶說，楊增新在執政之初曾說：善為政者，固然要“戒殘去殺”，但是不能姑息養奸。對于對自己構成威脅的人，他從來都是當機立斷，痛下殺手。
經過4年時間，到1916年，楊增新的政權終于轉入穩定階段。
包爾漢在他寫的《楊增新統治時期》一文中闡述，楊增新留給包爾漢的印象是：內心陰鷙，善于機變。表面上沒有官僚氣派，平易近人，健談，風趣，具有相當強的感染力。在興奮或激動時，還偶爾吐露他的真實人生觀和統治權術。
有一次，楊增新對幾名部屬大發脾氣后余怒未息，他對包爾漢說：“你知道不知道，什么是地獄？”包爾漢說：“知道。”楊增新說：“這就是地獄，我在這兒被判了無期徒刑。”
由此可見，在那段動蕩不安、危機四伏的日子，楊增新治理新疆并不輕松。
